Als Biotopbäume gelten lebende Bäume mit Höhlen, mit Konsolenpilzen oder freiliegendem Holzkörper. Sie sind das „Rückgrat der Artenvielfalt“, weil sie flächendeckend – auch im bewirtschafteten Wald vorkommen. Wenn sie absterben werden sie zu stehendem und später zu liegendem Totholz. So dienen sie über ihren Tod hinaus der Waldartenvielfalt als Lebensraum und Nahrung. Wenn sie verrotten, entsteht zudem wertvoller Waldhumus. Ziel sind 10 Biotopbäume pro Hektar. In den Wäldern des Forstbetriebs Ebrach stehen weit über 100.000 Biotopbäume.

Totholz ist der „Dünger des Waldes“. Es wird stehendes und liegendes Totholz unterschieden. Stehendes Totholz entsteht beim Absterben von Biotopbäumen oder nach Sturmereignissen. Liegendes Totholz entsteht durch Umfallen abgestorbener Biotopbäume, vielfach jedoch durch das Liegenlassen von unverkauftem Stamm- und Kronenholz bei der Holzernte. Je nach Waldort liegen die Totholzmengen in bewirtschafteten Wäldern zwischen 20 und 60 m3 pro ha. In Wäldern ohne Holznutzung (Nr.3 und 4) kann die Totholzmenge noch höher sein.

Das sind über die Waldlandschaft verteilte Kleinflächen, die dauerhaft nicht genutzt werden. Ihre Größe bewegt sich zwischen 0,3 und 20 Hektar. Eine Besonderheit bildet die große Naturwaldflächen Knetzberge-Böhlgrund mit 850 Hektar. Kennzeichen der Waldtrittsteine sind eine hohe Anzahl an Biotopbäumen. Wie ihr Name bereits vermuten lässt, bieten sie der Artenvielfalt eine Möglichkeit zur „Zwischenlandung“ bei der Ausbreitung. Sie vernetzen somit die Naturwaldreservate untereinander und mit den Biotopbäumen und dem Totholz in den bewirtschafteten Waldorten. Eine Besonderheit sind dabei ökologisch wertvolle Waldränder und bachbegleitende Bäume, die als lineare Waldtrittsteine besonders wertvolle Vernetzungselemente sind.